《怪醫黑傑克21》為電視動畫《怪醫黑傑克》的續篇，從2006年4月10日到2006年9月4日播出，全17集。動畫將漫畫數個獨立章節重新改編成一個全新的主線劇情，劇情從黑傑克與父親的見面開始，並且出現一個企圖暗殺黑傑克的神秘組織。
配音名單[]
- 常駐班底：曹冀魯、楊凱凱、孫中台、詹雅菁、吳文民、董錦萍
- 客串班底：劉如蘋、汪世瑋、魏伯勤
- 粗體字為主要角色，以「主角+常駐配角+前作配角」、「其他配角+閒角」分開紀錄，若無區分則以一欄表示。
| 配音員 | 角色 |
|---|---|
| 曹冀魯 | 黑傑克／間黑男、全滿德、鯨岡漁師[2]（ep.3）、玄武（第2任，ep.7） |
| 恐怖分子（ep.6）、空中醫院機長（ep.6）、班恩·巴特（ep.9～10） | |
| 楊凱凱 | 皮諾可、間黑男【童年】（第1任，ep.2）、間美緒（第2任，ep.9～10、17）、間小蓮 |
| 莫琳·摩根（ep.8）、護士（ep.9）、比爾·巴特（童年，ep.9）、瑪麗的母親（ep.14） | |
| 孫中台 | 本間丈太郎、間影三、友引警官、湯姆老闆／梅旭齋哲、奇利柯、犬持／寫樂的父親、玄武（第3任，ep.15～16）、克瑪博士、克羅傑爾博士 |
| 醫師會會長（ep.1）、迪文（ep.4）、哈姆副院長（ep.5）、恐怖分子（ep.6）、空中醫院副機長（ep.6）、柯爾（ep.7）、羅森巴克醫院的院長（ep.7）、聯絡員（ep.17） | |
| 詹雅菁 | 紅蜥蜴、間蓮花、本間久美子、西川史子、黑皇后／桑田木實、間美緒（第1任，ep.2、15）、間黑男【童年】（第2任，ep.9、15） |
| 電話語音、皮耶多魯（ep.1）、佐伯婦人（ep.3）、蘇西的母親（ep.4）、特里頓（ep.5）、女服務員（ep.7）、希由·摩根（15歲，ep.8）、凱薩琳·巴特（ep.9）、由莉（ep.11）、亞爾（ep.13）、約翰的母親（ep.13）、瑪麗（ep.14）、空中醫院語音（ep.16） | |
| 吳文民 | 蒼龍、白拍子泰彥、玄武（第1任，ep.2）、鯨岡漁師的兒子[3]（ep.3）、間影三（青年，ep.10）、修達因博士、喬治博士 |
| 友引賢太郎（ep.1）、波凱利尼（ep.1）、佐伯醫生（ep.3）、克羅傑爾博士（ep.4）、克羅傑爾醫院副院長（ep.4）、恐怖分子（ep.6）、蟻谷（ep.7）、羅森巴克（ep.7）、希由·摩根（老化，ep.8）、比爾·巴特（ep.9）、約翰的父親（ep.13）、空中醫院作業員（ep.16）、克拉克寶曼（ep.17） | |
| 董錦萍 | 寫樂、和登 |
| 佐伯家傭人（ep.3）、育幼院院長（ep.3）、蘇西（ep.4）、妮可／約翰（ep.13） | |
| 劉如蘋 | 克羅傑爾醫院護士（ep.4） |
| 汪世瑋 | 吉爾（ep.14） |
| 魏伯勤 | 空中醫院局員（ep.16） |